Le Muséum national d’histoire naturelle présente, en comparaison de ses homologues d’autres pays, une originalité qui en fait un cas unique : il n’est pas composé d’un seul site et celui-ci n’est pas seulement un bâtiment, mais comprend quinze sites dont la plupart, à commencer par le siège principal de Paris, sont multifonctionnels. Le siège parisien par exemple est à la fois un jardin, botanique et zoologique, et un ensemble de plusieurs galeries scientifiques, de laboratoires et de serres. D’importants budgets sont nécessaires pour entretenir, faire fonctionner et mettre ces sites aux normes de sécurité actuelles : les entrées payantes ne suffisent pas à couvrir ces dépenses et certains ont dû être fermés pour cette raison ; tous n’ont encore pu être rénovés.
Ces sites sont au nombre de quatre à Paris :
1- le Jardin des plantes, avec ses jardins spécialisés, serres, ménagerie et galeries :
les grandes serres (fermées et restaurées entre 2005 et 2010),
la ménagerie,
le cabinet d’Histoire du Jardin des Plantes,
la grande galerie de l’évolution (fermée en 1966, rénovée à partir de 1988 et ouverte en 1994),
la galerie de minéralogie et de géologie (fermée en 2004, réouverture prévue en 2014 à l’issue de la rénovation),
la galerie de botanique (rouverte fin 2013),
la galerie d’entomologie (fermée en 1996, en attente de financements pour la rénovation),
la galerie de paléontologie et d’anatomie comparée ;
2- l’institut de Paléontologie humaine, géré paritairement par le département de préhistoire du Muséum national d’histoire naturelle et la fondation Albert Ier de Monaco ;
3- le musée de l’Homme (fermé en 2009, réouverture au public prévue en 2015).
4- le zoo de Vincennes (fermé en 2008, rouvert à l’issue de sa rénovation en avril 2014).

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